一般来说，功能性疾病用针灸治疗效果较好。这类疾病在客观检查上并无异常发现，但病人所表现的症状却客观存在，而药物治疗又往往无效。这类疾病包括麻痹性肠梗阻及手术后肠麻痹、消化不良所致的腹泻（婴幼儿腹泻）、便秘（尤其是老年人的习惯性便秘）、功能性阳萎、痛经、闭经、胎位不正、产后尿潴留及宫缩无力、小儿遗尿等。
针灸治疗效果良好的另一类疾病是各类痛症，如头痛、偏头痛、三叉神经痛、肾绞痛等，针灸具有良好的镇痛效果。
在临床上，对一些急症应用针灸也能获得很好的效果，如抢救惊厥、昏迷、休克、抽搐等急症病人，尤其是在路途中，针灸更能显示出其简便及时的优越性。另外，针灸治疗癔病疗效也十分显著。
